Vanuit de in 1929 opgerichte voorloper van de “Vereniging voor Protestants Christelijk Basisonderwijs te Hulshorst” wordt de Prinses Beatrixschool bestuurd. De Prinses Beatrixschool is een zogenaamde eenpitter, wat inhoudt dat er niet een bestuur is dat meerdere scholen bestuurt, maar één school met één bestuur.

Vanuit de algemene ledenvergadering worden de leden van het bestuur gekozen. De structuur van het bestuur is sinds 2013 ingericht volgens de code “goed bestuur”.  De functie van “bestuur” ligt bij het dagelijks bestuur; de functie van “intern toezicht” ligt bij het algemeen bestuur.

Het dagelijks bestuur is gemandateerd aan de directeur van de school en maakt het beleid. Hierbij kan gedacht worden aan bijvoorbeeld financieel beleid, personeelsbeleid, gebouw beheer, sociale veleigheid, burgerschap, enz.

Daarnaast bewaakt het toezichthoudend bestuur de kwaliteit van het gegeven onderwijs. Dat gebeurt aan de hand van de zogenaamde kwaliteitsmatrix, waarin allerlei indicatoren worden bijgehouden. Doel hiervan is het verbeteren van de kwaliteit, zodat het kind en de leerkracht optimaal kunnen leren en ontwikkelen. Het bestuur bestaat uit minimaal 5 en maximaal 7 personen: een voorzitter, een secretaris en vijf algemene bestuursleden.

Het dagelijks bestuur vergadert een keer per zes weken samen met de toezichthoudend bestuur.  Daarnaast wordt eens per jaar vergaderd met de MR en eens per jaar met de Oudercommissie. 

De samenstelling van het bestuur is momenteel:  
In de jaarlijkse ledenvergadering legt het bestuur verantwoording af van het gevoerde beleid. Dat gebeurt door middel van het jaarverslag, waarin ook de financiële verantwoording is opgenomen.